Ce sont des instances d'étude et de réflexion, chargées de l'examen des questions qui sont soumises au Conseil.
Ces commissions sont composées de membres du Conseil et peuvent faire appel à des personnes particulièrement qualifiées, pour l'examen des questions relevant de la compétence de chaque commission.
Les commissions présentent les résultats de leurs travaux ainsi que leurs recommandations à l'assemblée générale du Conseil.
Sur la base des objectifs et missions assignés au CNCE et en fonction des axes de travail retenus par l'Assemblée générale du Conseil, plusieurs commissions spécialisées ont été créées.